തക്കാളി ബ്രൗൺ റൂഗോസ് ഫ്രൂട്ട് വൈറസ് ലോകമെമ്പാടുമുള്ള തക്കാളി, കുരുമുളക് ചെടികളെ ബാധിക്കുന്നതിനാൽ, വിത്ത് കമ്പനികൾ പ്രതിരോധശേഷിയുള്ള തക്കാളിയുടെ പ്രജനനത്തിനായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു.
തക്കാളിയുടെ ജീനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് പ്രോജക്ടുകൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പുതന്നെ തക്കാളി ബ്രീഡർമാർക്ക് സമ്പന്നമായ ജനിതകവും ജനിതകവുമായ വിഭവങ്ങൾ ലഭ്യമായിരുന്നു. വലിയ തക്കാളി ജെർംപ്ലാസം ശേഖരങ്ങൾ പല സ്ഥലങ്ങളിലും പണ്ടേ സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ട്. ലോകമെമ്പാടുമുള്ള ജീൻബാങ്കുകളിൽ 75,000-ലധികം തക്കാളി പ്രവേശനങ്ങൾ സംരക്ഷിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ജനീവ, NY യിലുള്ള USDA ജീൻബാങ്ക് ആണ് ഏറ്റവും വലിയ ഒന്ന്.
2005 രാജ്യങ്ങൾക്കിടയിൽ ഒരു ബഹുരാഷ്ട്ര ശ്രമമെന്ന നിലയിൽ 14-ൽ തക്കാളി ജീനോമിന്റെ സീക്വൻസിങ് ആരംഭിച്ച് 2012-ൽ പൂർത്തീകരിച്ചു. വലിയ അളവിലുള്ള ജനിതക, ഫിനോടൈപിക് ഡാറ്റകൾ വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനായി ആർട്ടിഫിഷ്യൽ ഇന്റലിജൻസ്, മെഷീൻ ലേണിംഗ്, അഡ്വാൻസ്ഡ് അൽഗോരിതം എന്നിവയുടെ പ്രയോഗത്തിലൂടെ ഈ ശ്രമങ്ങൾ വളരെ ത്വരിതഗതിയിലായി.
തക്കാളി പാൻ-ജീനോം
2020-ൽ ബോയ്സ് തോംസൺ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടിലെ ഗവേഷകർ കാട്ടു തക്കാളിക്ക് കൂടുതൽ പൂർണ്ണവും ഉപയോഗപ്രദവുമായ തക്കാളി പാൻ-ജീനോം നിർമ്മിക്കുന്നതിനായി ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള റഫറൻസ് ജീനോം സൃഷ്ടിച്ചു. പഴത്തിന്റെ രുചി, വലിപ്പം, പഴുപ്പ്, സമ്മർദ്ദം സഹിഷ്ണുത, രോഗ പ്രതിരോധം എന്നിവയ്ക്ക് അടിവരയിടുന്ന ജീനോമിന്റെ ഭാഗങ്ങൾ അവർ കണ്ടെത്തി. ഡിഎൻഎയുടെ വളരെ ദൈർഘ്യമേറിയ ഭാഗങ്ങൾ വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന അത്യാധുനിക സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യകൾക്ക് നന്ദി, റഫറൻസ് ജീനോം നിലവിലുള്ള ഡാറ്റാബേസിനേക്കാൾ കൂടുതൽ പൂർണ്ണവും കൃത്യവുമാണ്.
ഡിഎൻഎയുടെ ചെറിയ ഭാഗങ്ങൾ വായിക്കുന്ന പഴയ സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യകൾ ഒറ്റ-അടിസ്ഥാന തലത്തിൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, ഡിഎൻഎയുടെ വലിയ ഭാഗങ്ങളുടെ ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ, ഇല്ലാതാക്കലുകൾ, വിപരീതങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ തനിപ്പകർപ്പുകൾ എന്നിവ പോലുള്ള ഘടനാപരമായ വകഭേദങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിൽ അവ മികച്ചതല്ല.
2019-ൽ, ഒരു അന്താരാഷ്ട്ര ഗവേഷകർ ഒരു തക്കാളി പാൻ-ജീനോം നിർമ്മിച്ചു, 725 ഫൈലോജെനറ്റിക്, ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായ പ്രാതിനിധ്യ ഇനങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള ജീനോം സീക്വൻസുകൾ ഉപയോഗിച്ച്. യഥാർത്ഥ റഫറൻസ് ജീനോമിൽ കാണാത്ത 4,873 ജീനുകൾ ഈ ഡാറ്റാബേസിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു. നിലവിലുള്ള/ഇല്ലാത്ത വ്യതിയാന വിശകലനങ്ങൾ, തക്കാളി വളർത്തൽ, മെച്ചപ്പെടുത്തൽ എന്നിവയിൽ ഗണ്യമായ ജീൻ നഷ്ടവും ജീനുകളുടെയും പ്രൊമോട്ടർമാരുടെയും തീവ്രമായ നെഗറ്റീവ് തിരഞ്ഞെടുപ്പും വെളിപ്പെടുത്തി.
മുഴുവൻ ലേഖനവും www.seedworld.com ൽ വായിക്കുക.